No pasa nada, de hecho es recomendable hacerlo para que el navegador sea un poco más rapido y no cargue o almacene datos que ya no sirven, puedes usar las opciones del explorador que usas para eliminar el historial, temporales y limpiar el cache, eso si, si tenias guardada alguna contraseña de alguna pagina que la pusiste como "recordar contraseña", esta se borrara, si no la tienes o no la sabes, no depures esta parte.
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