las facturas van a ser exactamente igual y si marcas empresa el formulario te va a pedir otros datos por lo que no deberias marcar esa opcion
sin embargo yo me pondria en contacto con soporte@suop.es para comunicarles el hecho de que declararas como autónomo para que les quede constancia y te registren en el segmento adecuado por si ellos hacen esa distincion
eso si los datos que aportes deben ser los datos fiscales que utilices