Para activar el WhatsApp al móvil, te envían un código por sms al número de teléfono al cual quieras asociar tu cuenta.
Entiendo que si recibes ese SMS al móvil y lo entras en el Android virtual, debería funcionar, pero no lo he utilizado nunca.
Ahora bien, lo que sí he usado es el WhatsApp vía web desde pc, sin necesidad de máquinas virtuales ni nada.
Necesitas el móbil cerca, porqué se sincroniza con él, pero sirve para poder tenerlo todo en la gran pantalla del PC.
No sé si lo conocías y si cubriría tus necesidades.
Te dejo un enlace aquí.
Saludos.